Bestyrelsen og direktionen varetager henholdsvis den overordnede og den daglige ledelse af institutionen.
NFA er en uafhængig sektorforskningsinstitution i Beskæftigelsesministeriet.
Overordnet ledes NFA af en bestyrelse, der fastsætter de generelle retningslinjer for NFA’s organisation, langsigtede virksomhed og udvikling. NFA's direktion varetager den daglige ledelse ud fra de rammer, som bestyrelsen har vedtaget.